Rodák z Českých Budějovic Josef Jindra začínal s hokejem právě v jihočeské metropoli. V mládežnických letech hrával převážně v Českých Budějovicích za tamní dorostenecké a juniorské týmy. Roku 1998 si jej povšimli i stavitelé národního týmu a dostal pozvánku do reprezentace na Evropský šampionát juniorů.
V sezoně 1998/1999 naskočil k jednomu zápasu i do extraligového "A" týmu HC České Budějovice. Zbytek sezony pak strávil v juniorském týmu, odkud byl zapůjčován do prvoligového celku Vajgaru Jindřichův Hradec.
Sezona 1999/2000 byla pro Josefa Jindru hodně pestrá. V jejím průběhu hrával jednak extraligu za juniory Českých Budějovic, ale ve 12 zápasech dostal opět příležitost okusit extraligu dospělých v drese svého mateřského klubu. Dále byl také k dispozici trenérům Vajgaru Jindřichův Hradec při bojích v 1. lize, skupině o udržení a následně i baráži. Za Vajgar sehrál celkem 36 utkání ve kterých vstřelil 2 branky a připsal si 8 asistencí. Nezapomněli na něj ani trenéři juniorské reprezentace, kterým se za účast na Světovém šampionátu odvděčil jednou brankou a jednou asistencí v 7 zápasech.
Sezona 2000/2001 již byla pro Josefa Jindru převážně seniorsky extraligová, 39 zápasů za HC České Budějovice znamenalo jeden gól a čtyři asistence. I nadále si však plnil povinnosti v juniorském celku. V pěti zápasech základní části jednou skóroval a dvakrát asistoval a při play-off byl k dispozici v šesti zápasech, ve kterých zaznamenal taktéž jeden gól a dvě asistence. Pohyboval se však i v jiných týmech jihočeského regionu. Ke čtyřem zápasům naskočil do 1. ligy v Písku a ke třem do druholigového Vajgaru Jindřichův Hradec. V obou případech bez brankového, nebo asistenčního příspěvku.
Také sezonu 2001/2002 začínal v extralize v týmu Budějovic, během sezony však byl zapůjčován i na střídavé starty do IHC Písek, jenž válčil v 1. lize. Písku se nedařilo a propadnul se až do skupiny o udržení a následně i do baráže o 1. ligu. Josef Jindra jim pomáhal udržet si prvoligovou příslušnost a celkově za Písek sehrál 19 zápasů s jedním gólem a dvěma asistencemi.
Sezona 2002/2003 by se dala hodnotit jako prozatím nejúspěšnější v jeho dosavadní kariéře. Dres HC České Budějovice přetáhnul přes hlavu v 38 zápasech základní části a přispěl brankou a třemi asistencemi k postupu svého týmu do play-off. V prvním kole Budějovice narazily na tým Sparty Praha, který byl pro jihočechy nerozlousknutelným oříškem a po sehrání 4 zápasů byli vyřazeni, když dokázali vstřelit pouze dvě branky na kterých se Josef Jindra nepodílel.
Jestliže předchozí sezona byla pro mladého beka nejúspěšnější, hned ta následující by se dala hodnotit jako nejčernější. Jak jinak hodnotit pád mateřského klubu z elitní soutěže, kterému nezabránily ani 3 góly a 6 asistencí Josefa Jindry ve 47 zápasech, jenž za Budějovice sehrál. V následné baráži s nabuzeným vítězem 1. ligy Duklou Jihlava byl k dispozici ve třech zápasech, ale stejně jako celému týmu, ani Josefu Jindrovi se střelecky nedřilo a ze všech zápasů vyšel střelecky a asistenčně naprázdno.
Sezona 2004/2005 byla poněkud jiná, než předchozí. Důvodem byla stávka v NHL, díky které, nejen v českých týmech, mohli naskočit i hráči z této slavné soutěže. Přestože i do Českých Budějovic se vrátila slavná jména, která chtěla klubu pomoci v těžké situaci s co nejrychlejším návratem mezi elitu, neztratil se mezi těmito borci ani Josef Jindra. Dostal příležitost ve 42 zápasech, ve kterých dvě branky dal a na čtyřech se podílel. K jednomu zápasu byl také zapůjčen do extraligového Vsetína.
Sezonu 2005/2006 začínal opět v týmu HC České Budějovice, kde sehrál 20 zápasů, ale do střelecké, ani asistenční listiny se nezapsal. Čtyři zápasy také působil v dresu Vajgaru Jindřichův Hradec, za který vstřelil jeden gól a dvakrát při brance asistoval. Zlom v jeho kariéře přišel 26. ledna 2006, kdy jej získal na přestup celek BK Mladá Boleslav. V tomto klubu stihnul sehrát devět zápasů základní části a připsal si jednu asistenci. S tímto celkem postoupil až do prvoligového finále, ve kterém boleslavští nestačili na tým HC Slovan Ústečtí Lvi. V 11 zápasech play-off dal dva góly a připsal si dvě asistence.
V právě probíhající sezoně odehrál za Boleslav 7 zápasů, ve kterých branku nevstřelil, ale připsal si solidních pět asistencí. Josef Jindra bude od zápasu se Sarezou působit měsíc v našem celku. Věřme, že se mu bude u nás dařit a podaří se mu pozvednout prapor naší defenzívy.